Через 6 лет после освящения собора и по завершении работы строительной комиссии, в 1864 году, здание собора было передано в ведение «Министерства путей сообщения и публичных зданий». При соборе были учреждены должности инспектора и архитектора, а также, для постоянного наблюдения за состоянием собора, было создано специальное «техническо-художественное совещание» из трёх профессоров Академии художеств[100].

В 1871 году Исаакиевский собор был передан под управление Министерства внутренних дел.

В 1879 году Иоанн Полисадов основал Общество проповедников для кафедры Исаакиевского собора — первое общество такого рода в столице[101].

В 1883 году статус Исаакиевского собора изменился: собор (как и храм Христа Спасителя в Москве) перешёл в двойное подчинение, ведомству православного исповедания в «хозяйственном отношении», и остался в ведении Министерства внутренних дел в «техническо-художественном» отношении[100]. и далее смотри 

информацию можно прочесть в Википедии https://ru.wikipedia.org/wiki

что следует, что Исаакиевский собор не принадлежал церкви