Создаёте текстовой документ со следующим содержимым:
attrib -S -H /D /S
Сохраняете под любым именем , после чего изменяете расширение с .txt на .bat.
Копируете этот батник на проблемную флешку в корень и запускаете от имени администратора.
После всего этого все папки станут видимыми на всех компьютерах.
И проверьте свой компьютер на вирусы при помощи DrWeb Cureit.