При взлёте и посадке происходит перепад давления, что болезненно отражается на барабанной перепонке.
Часто этим страдают маленькие дети. В детстве я постоянно летала с родителями на отдых (мы жили на Севере, где транспорт только авиация), у меня тоже очень болели уши. Мама перед полетом закладывала мне в уши ватку, это немного помогало, боль уменьшалась, но не полностью.